LA VALLEE DES CATTLEYAS
ABC du BA , Le Berger Allemand n'est pas premier par hasard

Si la consanguinité permet la fixation de qualités au sein d'une lignée, d'un élevage,
malheureusement en étant responsable d'une augmentation du taux d'homozygotie et parallèlement d'une diminution du taux d'hétérozygotie. elle peut entraîner l'apparition d'effets indésirables.

§ Au travers de l'augmentation de l'homozygotie, la consanguinité est responsable d'une diminution de la variabilité génétique. ayant pour conséquence une réduction de l'efficacité de sélection. En effet quand un allèle est choisi et fixé à l'état homozygote, les autres allèles situés sur le même chromosome sont aussi fixés. mais les allèles du chromosome homologue sont perdus. En conséquence il faut veiller à ne pas atteindre un taux de consanguinité trop élevé si l'on désire continuer à sélectionner sur d'autres caractères que ceux déjà fixés. Il est aussi sage de préserver une certaine variabilité génétique compte tenu de l'évolution des races, le modèle recherché peut varier au cours du temps.

§ Un inconvénient de la consanguinité à ne pas négliger réside dans la réduction de la moyenne phénotypique de certains caractères liés à la reproduction et à la vigueur des animaux. Le terme de "dépression de consanguinité" est utilisé pour désigner l'ensemble des phénomènes : diminution de la fertilité. de la prolificité. augmentation de la mortinatalité, dégradation de la résistance, atteinte du poids. de la taille. Observée dans de nombreuses espèces végétales et chez pratiquement toutes les espèces animales domestiques, cette dépression survient graduellement et peut aller jusqu'à l'extinction de la lignée consanguine. Si les caractères qualitatifs et caractères quantitatifs à forte héritabilité ne sont pas affectés par la consanguinité, les caractères quantitatifs à faible héritabilité (reproduction, vigueur) peuvent subir une forte altération de leur valeur. En effet. la dépression de consanguinité est due : non seulement à la fixation à l'état homozygote d'allèles défavorables au  niveau des systèmes polygéniques. mais aussi à la perte d'allèles et à la réduction de l'hétérozygotie entraînant une rupture des interactions alléliques et en conséquence une diminution de l'hétérosis. Toutefois si l'on dispose d'individus très féconds et résistants, en ayant soin de ne pas dégrader ces qualités, on peut obtenir des lignées relativement vigoureuses : c'est le cas par exemple en espèce ovine où le troupeau Mérinos de Rambouillet est élevé en consanguinité  depuis de nombreuses générations.

Les unions consanguines conduisent plus fréquemment que les unions panmictiques (dues au hasard) à des individus présentant des anomalies génétiques. en particulier par passage à l'état homozygote d'allèles récessifs délétères. Au sein d'une population, les allèles dominants responsables d'anomalies ou de défauts sont rapidement éliminés puisque le phénotype correspondant à chacun d'entre eux est visible chez les homozygotes dominants et les hétérozygotes. Au contraire les allèles récessifs n'expriment le phénotype correspondant que s'ils sont à l'état homozygote. ils restent , cachés chez les porteurs hétérozygotes d'apparence normale. Les accouplements non-consanguins tendent à cacher l'allèle récessif, il n'y aura que quelques cas sporadiques d'apparition lors du croisement de deux hétérozygotes. Il faudra parfois plusieurs générations avant de s'apercevoir qu'un étalon, non utilisé en consanguinité étroite, est porteur d'un allèle responsable d'une anomalie. allèle qui aura été disséminé de manière sournoise dans l'élevage, dans la race. En pratiquant la consanguinité, ces allèles peuvent se retrouver à l'état homozygote, les malformations ou tares correspondantes sont alors visibles.

Par exemple. si un allèle récessif délétère a une fréquence de 1 / 1 000 dans une population, cela signifie qu'en accouplant au hasard deux individus de cette population, la probabilité d'obtenir un homozygote récessif est de 1 / 1 000 000. Si l'on réalise un accouplement frère x soeur, la probabilité d'obtenir un ici homozygote s'élève à 1 /4 000.

La consanguinité favorise l'apparition des allèles récessifs, mais n'est absolument pas responsable de leur existence : la consanguinité ne crée pas des allèles délétères, elle les met en évidence. En étant un révélateur de ces allèles. la consanguinité permet de faire le point sur la salubrité génétique d'un étalon, d'une lignée. Par exemple, à partir d'accouplements « père x filles ». une probabilité de salubrité génétique de 95 % est obtenue si aucun chiot anormal n'est observé pour 7 portées (avec 7 filles) de 5 chiots ou 5 portées (avec 5 filles) de 8 chiots . Si un seul chiot présente une anomalie héréditaire, le père est porteur hétérozygote, il faut l'éliminer de la reproduction.